Bij het laatste octrooi van 1571 om de Zijpe in te polderen, werd de bedijkers de verplichting opgelegd om het deel kleine h van deel grote H te reserveren tot opbouwen van een kerk en tot onderhoud van een Bedienaar des Goddelijks Woords.
Het eerste houten kerkje (van 1603) stond naast het Hoghe Huijs op de hoek Grote Sloot St. Maartensweg. Dat simpele kerkje heeft bijna een eeuw gefunctioneerd, tot er in 1696 een stenen kerk op de huidige plaats voor terug kwam. De eerste steen van de kerk werd op 12 maart 1696 gelegd door Martin Daey. Zijn vader trouwde in 1646 met Coppit Oopjen en die is in 1633 door Rembrandt geportretteerd en ingelijst.
Het torentje van de kerk heeft eerst op de achterzijde gestaan en later midden op de kerk, om uiteindelijk in 1910 aan de voorzijde te komen.
De Hervormde kerk was dermate kapitaalkrachtig dat zij het Waterschap kon helpen financieren om de grote zeesluis in Oudesluis te vergroten. Dat werd in 1631 één van de grootste zeesluizen van Europa. Het kerkbestuur heeft toen als tegenprestatie notarieel laten vastleggen dat het Waterschap voortaan de kerk, de pastorie en de dominee zal onderhouden. Als onderhoudsplichtige kregen Dijkgraaf en Heemraden twee overhuifde banken in de kerk toegewezen.
Deze zeesluis in Oudesluis werd overbodig na de aanleg van het Noord-Hollands kanaal, waardoor de sluis ook geen inkomsten meer genereerde voor het Waterschap. Om deze reden wilde het Waterschap de kosten van onderhoud voor de kerk etc. niet meer dragen en rond 1965 werd dit onderhoud gestaakt.
Dit leidde tot een jaren durende rechtszaak, die het Waterschap verloor, met gevolg dat zij een geldbedrag van ruim een miljoen gulden aan de Nederlands Hervormde Gemeente moest betalen als compensatie. Dit wilde echter niet zeggen dat de kerk hersteld werd op kosten van de Hervormde Kerk Gemeente. Het verval zette tussen 1965 en 1974 door
In 1974 hebben enkele dorpelingen de hoofden bij elkaar gestoken om te zorgen dat er iets aan de kerk gedaan zou worden. De kerk en de pastorie aan de Grote Sloot 173 (gebouwd in 1880) werden al jaren niet meer onderhouden met alle gevolgen van dien. Dit zorgde er uiteindelijk voor dat de gemeente verbood om de klok nog te luiden. Doordat de ophanging verroest was, ontstond het risico dat de klok naar beneden zou komen als zij geluid zou worden en zoals men stelde, van een begrafenis zou weer een begrafenis kunnen komen als de klok op de klokkenluider zou storten.
De foto laat zien dat de toren in zeer slechte staat was.
Na vele gesprekken met het Waterschap en Gemeente Zijpe is er na enige jaren een Stichting met de naam ‘De Klok Moet Luiden’ opgericht’, uiteraard verwijzend naar het feit dat de gemeente dit verboden had en alleen herstel weer zou zorgen dat de klok geluid mocht worden. Het heeft uiteindelijk 19 jaar geduurd voor de kerk in 1993 weer open kon, dit met hulp van allerlei instanties en donaties.
De stichting Zijper Kerken, waartoe de kerken van Burgebrug, Oudesluis en Sint Maartensbrug behoren, heeft de kerk in Sint Maartensbrug voor één gulden kunnen kopen van het Waterschap. Dat lijkt leuk, maar dan is al het onderhoud van die oude gebouwen wel voor de koper.
Doordat het dak al weer 40 jaar ligt en bij de restauratie de oude dakpannen zijn hergebruikt, is herstel van het dak nu weer nodig. Vele pannen zijn zo slecht dat er water door het dak komt en het dakhout is aangetast.